il existe plusieurs bases de données donc il est difficile de répondre sans préciser lesquelles.
Sous linux en général, les bases de données entre autre sont dans /var/, mais par exemple, pour mariadb (mysql), on ne sauvegarde pas les datas en brut mais dans un format indépendant de la version : sql avec l'utilitaire du logiciel.
Et donc normalement on n'a pas a utiliser un gestionnaire de fichier pour la sauvegarde.

maintenant polkit est intégré dans kate, donc plus aucune raison de le lancer en root :
le mot de passe est demandé uniquement à la sauvegarde si le fichier est "protégé"

Un travail identique est en cours pour dolpin : source (en) on peut voir dans la vidéo que le mot de passe est demandé à l'action