Gros bordel dans mes disques durs

Non, là c'est que Grub a été installé par Calamares qui est l'installeur par défaut de Manjaro. Pas sur qu'os-prober soit actif.
Si tu installes os-prober et fais un sudo update-grub soit l'équivalent de sudo grub-mkconfig -o /boot/grub/grub.cfg tu retrouveras tous tes systèmes .

Oui c'est ce que j'avais fait. Merci.