Tout est dans le titre, il m'est impossible de mettre à jour mes paquets dû à un conflit de fichiers. A noter, que j'ai la version 16.10.3, la dernière ne voulant pas s'installer (au moment où j'installais Linux).
A savoir que j'ai synchronisé en premier mes paquets avant la dîte commande :
$ sudo pacman -Syu
:: Synchronisation des bases de données de paquets...
core est à jour
extra est à jour
community est à jour
multilib est à jour
:: Début de la mise à jour complète du système...
:: Remplacer cdrkit par community/cdrtools ? [O/n] O
:: Remplacer fuse par extra/fuse2 ? [O/n] O
:: Remplacer kdebase-kdialog par extra/kdialog ? [O/n] O
:: Remplacer kdebase-keditbookmarks par extra/keditbookmarks ? [O/n] O
:: Remplacer kdebase-kfind par extra/kfind ? [O/n] O
:: Remplacer kdegraphics-okular par extra/okular ? [O/n] O
:: Remplacer libastro par extra/marble-common ? [O/n] O
:: Remplacer manjaro-welcome par extra/manjaro-hello ? [O/n] O
résolution des dépendances...
recherche des conflits entre paquets...
:: xorg-server et xf86-input-acecad sont en conflit (X-ABI-XINPUT_VERSION). Supprimer xf86-input-acecad ? [o/N] o
:: xorg-server et xf86-input-joystick sont en conflit (X-ABI-XINPUT_VERSION). Supprimer xf86-input-joystick ? [o/N] o
avertissement : cycle de dépendances détecté :
avertissement : freetype2 sera installé avant sa dépendance harfbuzz
avertissement : cycle de dépendances détecté :
avertissement : kinit sera installé avant sa dépendance kio
avertissement : cycle de dépendances détecté :
avertissement : lib32-harfbuzz sera installé avant sa dépendance lib32-freetype2
Paquets (671) adwaita-icon-theme-3.22.0+1+g58cd459e-1 akonadi-16.12.3-1
akonadi-contacts-16.12.3-1 alsa-lib-1.1.3-1 alsa-utils-1.1.3-2
android-tools-7.1.1_r13-1 android-udev-20170125-1 appstream-0.10.6-1
appstream-qt-0.10.6-1 ark-16.12.3-1 atk-2.24.0-1
attica-qt5-5.32.0-1 avahi-0.6.32-3 baloo-5.32.0-1
baloo-widgets-16.12.3-1 bash-4.4.012-2 binutils-2.28-1
bluedevil-1:5.9.3-1 bluez-5.44-1 bluez-libs-5.44-1
bluez-qt-5.32.0-1 boost-libs-1.63.0-1 breath-icon-theme-0.2.0-3
breeze-5.9.3-1 breeze-gtk-5.9.3-1 breeze-icons-5.32.0-1
breeze-kde4-5.9.3-1 btrfs-progs-4.10-1 bzip2-1.0.6-6
ca-certificates-20170307-1 ca-certificates-mozilla-3.29.3-2
cairo-1.14.8-1 cairomm-1.12.2-1 cantarell-fonts-1:0.0.25-3
cdrdao-1.2.3-10 cdrkit-1.1.11-3 [suppression] cdrtools-3.02a07-2
chromaprint-1.4.1-1 cifs-utils-6.7-2 ckbcomp-1.155-1 cmake-3.7.2-1
colord-1.3.4-1 coreutils-8.26-1 cpupower-4.10-1 cryptsetup-1.7.4-1
cups-2.2.2-2 cups-filters-1.13.4-1 cups-pdf-3.0.1-1 curl-7.53.1-1
dbus-1.10.16-1 device-mapper-2.02.168-1 dhcpcd-6.11.5-1
digikam-5.5.0-1 dnsmasq-2.76-4 dnssec-anchors-20170228-1
dolphin-16.12.3-1 dolphin-plugins-16.12.3-1 dosfstools-4.1-1
drkonqi-5.9.3-2 dvdauthor-0.7.1-9 e2fsprogs-1.43.4-1
ebook-tools-0.2.2-4 ecryptfs-utils-111-1 efibootmgr-15-1
efivar-31-1 enchant-1.6.1-1 exfat-utils-1.2.6-1 f2fs-tools-1.8.0-1
ffmpeg-1:3.2.4-1 ffmpeg2.8-2.8.11-1 ffmpegthumbs-16.12.3-1
fftw-3.3.6-1 file-5.30-1 filelight-16.12.3-1 firefox-kde-52.0.1-1
fixesproto-5.0+9+g4292ec1-1 flac-1.3.2-1 flashplugin-25.0.0.127-1
flex-2.6.3-2 fontconfig-2.12.1-4 foomatic-db-engine-4:4.0.12-3
frameworkintegration-5.32.0-1 freetype2-2.7.1-1
fuse-2.9.7-1 [suppression] fuse-common-3.0.0-1 fuse2-2.9.7-3
gcc-libs-multilib-6.3.1-2 gcc-multilib-6.3.1-2 gdb-7.12.1-1
gdb-common-7.12.1-1 gdk-pixbuf2-2.36.5-1 geoclue2-2.4.5-1
ghostscript-9.21-1 git-2.12.0-1 glib2-2.50.3-1 glibc-2.25-1
gmp-6.1.2-1 gnupg-2.1.19-1 gnutls-3.5.10-1 gpgme-1.8.0-2
graphene-1.6.0-1 grep-3.0-1 grub-2.02.rc1-1 gsl-2.3-1 gsm-1.0.16-1
gssproxy-0.6.2-1 gst-libav-1.10.4-1 gst-plugins-bad-1.10.4-1
gst-plugins-base-1.10.4-1 gst-plugins-base-libs-1.10.4-1
gst-plugins-good-1.10.4-1 gst-plugins-ugly-1.10.4-1
gstreamer-1.10.4-1 gtk-theme-breath-5.9.0-1 gtk-theme-maia-5.9.0-1
gtk-update-icon-cache-3.22.10-1 gtk3-3.22.10-1 gtkmm-2.24.5-2
guile-2.0.14-1 gvfs-1.30.3-1 gvfs-afc-1.30.3-1 gvfs-mtp-1.30.3-1
gvfs-smb-1.30.3-1 gwenview-16.12.3-1 harfbuzz-1.4.5-1
harfbuzz-icu-1.4.5-1 hdparm-9.51-1 hplip-3.16.11-2 hunspell-1.5.4-1
hwinfo-21.38-1 iana-etc-20170224-1 icu-58.2-1 imagemagick-6.9.8.1-1
inkscape-0.92.1-1 intel-tbb-2017_20170226-1 inxi-2.3.8-1
iproute2-4.10.0-2 iso-codes-3.74-1 jansson-2.10-1 jasper-2.0.12-1
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jre8-openjdk-headless-8.u121-1 js-24.2.0-4
json-glib-1.2.6+7+gf98d547-1 jsoncpp-1.8.0-1 k3b-1:2.0.3a-8
kaccounts-integration-16.12.3-1 kaccounts-providers-16.12.3-1
kactivities-5.32.0-1 kactivities-stats-5.32.0-1
kactivitymanagerd-5.9.3-1 kamera-16.12.3-1 karchive-5.32.0-1
kate-16.12.3-1 kauth-5.32.0-1 kbd-2.0.4-1 kbookmarks-5.32.0-1
kcalc-16.12.3-1 kcalcore-16.12.3-1 kcmutils-5.32.0-1
kcodecs-5.32.0-1 kcompletion-5.32.0-1 kconfig-5.32.0-1
kconfigwidgets-5.32.0-1 kcontacts-16.12.3-1 kcoreaddons-5.32.0-1
kcrash-5.32.0-1 kdbusaddons-5.32.0-1 kde-cli-tools-5.9.3-1
kde-gtk-config-5.9.3-1 kde-servicemenus-rootactions-2.9.1-1
kdebase-kdialog-16.08.3-1 [suppression]
kdebase-keditbookmarks-16.08.3-1 [suppression]
kdebase-kfind-16.08.3-1 [suppression] kdebase-runtime-16.12.3-1
kdeclarative-5.32.0-1 kdeconnect-1.0.3-1 kdecoration-5.9.3-1
kded-5.32.0-1 kdegraphics-okular-16.08.3-1 [suppression]
kdegraphics-thumbnailers-16.12.3-1 kdelibs-4.14.30-1
kdelibs4support-5.32.0-1 kdenetwork-filesharing-16.12.3-1
kdenetwork-kget-16.12.3-1 kdenlive-16.12.3-1
kdeplasma-addons-5.9.3-1 kdesu-5.32.0-1 kdialog-16.12.3-1
kdnssd-5.32.0-1 kdoctools-5.32.0-1 keditbookmarks-16.12.3-1
kemoticons-5.32.0-1 keyutils-1.5.10-1 kfilemetadata-5.32.0-1
kfind-16.12.3-1 kgamma5-5.9.3-1 kglobalaccel-5.32.0-1
kguiaddons-5.32.0-1 khelpcenter-16.12.3-1 kholidays-16.12.3-1
khotkeys-5.9.3-1 khtml-5.32.0-1 ki18n-5.32.0-1 kiconthemes-5.32.0-1
kidletime-5.32.0-1 kimageformats-5.32.0-1 kinfocenter-5.9.3-1.1
kinit-5.32.0-1 kio-5.32.0-2 kio-extras-16.12.3-1
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kleopatra-16.12.3-1 kmenuedit-5.9.3-1 kmime-16.12.3-1 kmod-24-1
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knotifications-5.32.0-1 knotifyconfig-5.32.0-1 konsole-16.12.3-1
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kwidgetsaddons-5.32.0-1 kwin-5.9.3-1 kwindowsystem-5.32.0-1
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kxmlrpcclient-5.32.0-1 lcms2-2.8-2 ldb-1.1.29-1 ldns-1.7.0-2
lensfun-0.3.2-3 lib32-alsa-lib-1.1.3-1 lib32-dbus-1.10.16-1
lib32-flac-1.3.2-1 lib32-flex-2.6.3-1 lib32-fontconfig-2.12.1-4
lib32-freetype2-2.7.1-1 lib32-gcc-libs-6.3.1-2 lib32-glibc-2.25-1
lib32-harfbuzz-1.4.1-1 lib32-icu-58.1-2
lib32-libcurl-gnutls-7.52.1-2 lib32-libdbusmenu-qt-0.9.2-4
lib32-libdrm-2.4.75-1 lib32-libelf-0.168-1 lib32-libmikmod-3.3.10-1
lib32-libmng-2.0.3-2 lib32-libpng-1.6.27-1 lib32-libpulse-10.0-1
lib32-libtasn1-4.10-1 lib32-libtiff-4.0.7-1 lib32-libwebp-0.5.2-1
lib32-libx11-1.6.5-1 lib32-libxss-1.2.2-2 lib32-llvm-libs-3.9.1-2
lib32-mesa-17.0.1-1 lib32-openssl-1:1.0.2.k-1 lib32-qt4-4.8.7-7
lib32-sni-qt-0.2.6-7 lib32-speex-1.2.0-1 lib32-sqlite-3.17.0-1
lib32-systemd-232-1 lib32-util-linux-2.29.2-1 lib32-wayland-1.13.0-1
lib32-xz-5.2.3-1 lib32-zlib-1.2.11-1 libaccounts-glib-1.23-2
libao-1.2.2-1 libarchive-3.3.1-4 libastro-16.08.3-1 [suppression]
libbluray-0.9.3.r84.05c9fdec-1 libcanberra-0.30-8
libcanberra-gstreamer-0.30-8 libcanberra-pulse-0.30-8 libcdio-0.94-2
libcdr-0.1.3-2 libcmis-0.5.1-5 libcups-2.2.2-2
libcurl-gnutls-7.52.1-1 libdatrie-0.2.10-2 libdc1394-2.2.5-1
libdrm-2.4.75-1 libdvbpsi-1:1.3.1-1 libe-book-0.1.2-6
libelf-0.168-1 libepoxy-1.4.1-1 libevdev-1.5.6-1
libfbclient-2.5.7.27050-1 libftdi-1.3-3 libgcrypt-1.7.6-1
libgit2-1:0.24.6-1 libgme-0.6.1-1 libgpg-error-1.27-1
libgphoto2-2.5.12-1 libgudev-231-1 libgusb-0.2.9-2
libimobiledevice-1.2.0-4 libinput-1.6.3-1 libixion-0.12.2-1
libkdcraw-16.12.3-1 libkexiv2-16.12.3-1 libkipi-16.12.3-1
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libksysguard-5.9.3-1 libldap-2.4.44-3 liblouis-3.0.0-2.2
libmariadbclient-10.1.22-1 libmatroska-1.4.7-1 libmikmod-3.3.10-1
libmspub-0.1.2-6 libmwaw-0.3.10-1 libnewt-0.52.19-3
libnftnl-1.0.7-1 libnl-3.2.29-2 libnm-1.6.2-3 libnm-glib-1.6.2-3
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libpng-1.6.28-1 libproxy-0.4.13-2 libpulse-10.0-2
libpwquality-1.3.0-2 libqalculate-0.9.11-1 libraw-0.18.2-1
libreoffice-still-5.2.6-1 libseccomp-2.3.2-1 libssh-0.7.4-2
libstemmer-0+337-2 libsystemd-232-8 libtasn1-4.10-1 libteam-1.26-1
libthai-0.1.26-1 libtiff-4.0.7-2 libtool-2.4.6-7
libtorrent-rasterbar-1:1.1.1-6 libunistring-0.9.7-1 libupnp-1.6.21-1
libutil-linux-2.29.2-1 libuv-1.11.0-1 libvisio-0.1.5-3
libvoikko-4.1-1 libvpx-1.6.1-1 libwacom-0.24-1 libwbclient-4.5.6-2
libwebp-0.5.2-1 libwps-0.4.5-1 libx11-1.6.5-1 libxfont2-2.0.1-1
libxi-1.7.9-1 libxkbcommon-0.7.1-1 libxkbcommon-x11-0.7.1-1
libxml2-2.9.4+12+ge905f081-5 libxpm-3.5.12-1
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linux-api-headers-4.10.1-1 linux-firmware-20170309.695f2d6-1
linux44-4.4.55-1 linux44-ndiswrapper-1.61-10 lirc-1:0.9.4.d-1
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manjaro-browser-settings-20161221-1 manjaro-documentation-20170319-2
manjaro-hello-0.4.12-1 manjaro-icons-20170220-1
manjaro-kde-settings-20170207-1 manjaro-release-17.0-1
manjaro-settings-manager-0.5.1-2 manjaro-settings-manager-kcm-0.5.1-2
manjaro-settings-manager-knotifier-0.5.1-2
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Taille totale installée : 5517,77 MiB
Taille de mise à jour nette : 196,99 MiB
:: Procéder à l’installation ? [O/n] O
(661/661) vérification des clés dans le trousseau [##########################] 100%
(661/661) vérification de l’intégrité des paquets [##########################] 100%
(661/661) chargement des fichiers des paquets [##########################] 100%
(661/661) analyse des conflits entre fichiers [##########################] 100%
erreur : la validation de la transaction a échoué (conflit de fichiers)
xorg-server : /usr/lib/xorg/modules/extensions/libglx.so est déjà présent dans le système de fichiers
Des erreurs se sont produites, aucun paquet n’a été mis à jour.
Si quelqu'un voudraient bien m'éclairer.
J'imagine que si je les retire manuellement, plus rien ne marche !
ce paquet n'est pas encore dans les dépôts stable, il me semble : 
pour toutes ces réponses d'aides, j'ai effectué la procédure décrite par 
Je vous tiens au courant, merci encore !